Het Vliegenbos is een iepenrijk loofbos, het is waarschijnlijk het grootste in West-Europa, want door de iepenziekte zijn deze bossen zeldzaam geworden. Naast de iep komen ook esdoorn, zwarte els en es veel voor. Bijna alle bomen dateren van na de Tweede Wereldoorlog, want vanwege brandstofschaarste heeft toen grootschalige houtkap plaatsgevonden. De huidige begroeiing bestaat wel voor een deel uit nieuwe uitlopers van omgezaagde bomen.

Er komen bijzondere vogelsoorten voor zoals de ijsvogel, boomvalk en groene specht. Voorheen was het gebied rijk aan kikkers, padden en salamanders maar door een wijziging in het waterbeheer rond 1990 is de amfibieënpopulatie sterk teruggelopen. Het Vliegenbos wordt zo natuurlijk mogelijk beheerd. Zo blijft dood hout zoveel mogelijk liggen en biedt een plek aan onder meer paddenstoelen, mossen en insecten.